Nacido el 24 de junio de 1978, en Buenos Aires, dio sus primeros pasos como futbolista en el club La Carpita. De este pasó a Argentinos Juniors y, más tarde, a Boca Juniors, que pagó 800.000 dólares por su contratación cuando estaba en la quinta división de Argentinos.
Se consolidó como titular en Boca en 1997 y demostró desde sus primeras actuaciones un extraordinario talento como organizador y canalizador del juego, gracias a su excepcional manejo de balón y capacidad de liderazgo.
En Boca Juniors ganó, de forma sucesiva y bajo la dirección técnica de Carlos Bianchi, el Torneo Apertura 1998; el Torneo Clausura 1999; la Copa Libertadores, la Copa Intercontinental y el Torneo Apertura en 2000; y, de nuevo, la Copa Libertadores en 2001. En julio de 2002, después de esta etapa de brillantes éxitos, fue fichado por uno de los grandes europeos, el Fútbol Club Barcelona.
En agosto de 2003, finalizada su primera temporada como azulgrana, en la que tuvo dificultades para hacerse con un puesto en el once titular, fue cedido por la entidad catalana a otro conjunto de la Primera División española, el Villarreal.
En febrero de 2007, el equipo castellonense, que anteriormente se había hecho definitivamente con sus servicios, lo cedió al Boca Juniors.
Su retorno al club que le consagrara como estrella se saldó, en junio de 2007, con la consecución de una nueva Copa Libertadores. Se reincorporó al Villarreal, pero diversos problemas entre equipo y jugador concluyeron, en noviembre de ese año, con la rescisión del contrato que les unía y con el definitivo regreso de Riquelme al Boca Juniors.
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